张芮菡
邮箱：zhangruihan@ynu.edu.cn
职称：副研究员（硕士生导师）
地址：304am永利集团呈贡校区304am永利集团，国家重点实验室1栋1422
教育经历
2013.10-2016.12，德国癌症研究中心/海德堡大学，生物学 (生物物理学方向)，理学博士，获德国DFG Excellence Initiative博士奖学金资助
2010.09-2013.07，中国科学院上海药物研究所，药物设计学，理学硕士
2006.09-2010.07，浙江大学化工系，制药工程，工学学士
工作经历
2023.04-至今， 304am永利集团，304am永利集团，自然资源药物化学教育部重点实验室，副研究员
2019.11-2023.04，304am永利集团，教育部自然资源药物化学重点实验室，副研究员
2017.08-2019.11，304am永利集团，教育部自然资源药物化学重点实验室， 助理研究员
2015.04-2015.06，美国印第安纳州普渡大学，药物化学与分子药理学系，短期访问研究
研究领域
1) 针对天然药物研究的计算方法开发：运用人工智能领域的机器学习和系统生物学中的网络分析方法，发展针对天然产物的预评估和靶标预测方法。
2) 基于靶标的天然活性分子研究：将现有和自主开发的计算机辅助药物研究方法运用在天然产物的活性发现、靶标寻找、结构优化和作用机制研究中。
奖励荣誉和学术任职
云南省“千人计划”青年人才项目，2019
304am永利集团“东陆中青年骨干教师”培育计划，2018
执教课程与教学成果
主讲《计算机辅助药物分子设计》，《药物设计实验》，《人工智能与药物研究》
主持2022年304am永利集团公司产品改革研究项目：面向创新型人才培养的《计算机辅助药物设计》课程教学改革研究
科研项目
1) 云南省基础研究计划优秀青年项目，基于人工智能的表观遗传调控活性分子发现， 2023.06-2026.05，主持
2) 国家自然科学基金地区项目，深度学习驱动的组蛋白修饰酶抑制剂发现， 2023.01-2026.12，主持
3) 云南省基础研究计划面上项目，天然来源的SYK抑制剂发现、优化和抗自身免疫疾病的应用， 2022.06-2025.05，主持
4) 国家自然科学基金青年项目，基于机器学习和网络分析的天然产物抗炎活性-靶标预测研究， 2020.01-2022.12，主持
5) 云南省基础研究计划青年项目，三萜骨架HDAC抑制剂的结构改造、构效关系和抗炎活性研究， 2019.04-2022.12，主持
代表性论文
1) Lu, Q. #; Zhang, R.#; Zhou, H.; Ni, D.; Xiao, W.; Li, J. MetaHMEI: meta-learning for prediction of few-shot histone modifying enzyme inhibitors. Briefings in Bioinformatics 2023, Article; Early Access. DOI: 10.1093/bib/bbad115. (IF = 11.622，中科院I区)
2) Zhang, R.#; Ren, S.#; Dai, Q.; Shen, T.; Li, X.; Li, J.*; Xiao, W.*, InflamNat: web-based database and predictor of anti-inflammatory natural products. Journal of Cheminformatics 2022, 14, 30. (IF = 8.489，中科院II区)
3) Zhang, R.; Li, X.; Zhang, X.; Qin, H.; Xiao, W.*, Machine learning approaches for elucidating the biological effects of natural products. Natural Product Reports 2021, 38, 346-361. (IF = 15.111，中科院I区top，ESI高被引论文)
4) Ni, D.#; Wang, Q.#; Li, Y.#; Cui, Y.; Shen, T.; Li, X.; Sun, H.; Zhang, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Synthesis of nigranoic acid and manwuweizic acid derivatives as HDAC inhibitors and anti-inflammatory agents. Bioorganic Chemistry 2021, 109, 104728. (IF = 5.307，中科院I区top)
5) Di, Q.#; Zhao, X.#; Zhang, R.#; Ma, X.; Liang, X.; Li, X.; Gao, J.; Tang, H.; Chen, W.*; Xiao, W.*, Novel clerodane-type diterpenoid Cintelactone A suppresses lipopolysaccharide-induced inflammation by promoting ubiquitination, proteasomal degradation of TRAF6. Pharmacological Research 2021, 164. (IF = 10.334，中科院I区Top)
6) Zhang, X.#; Zhong, W.#; Liu, R.#; Wang, Y.; Luo, T.; Zou, Y.; Qin, H.; Li, X.*; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Structurally Diverse Labdane Diterpenoids from Leonurus japonicus and Their Anti-inflammatory Properties in LPS-Induced RAW264.7 Cells. Journal of Natural Products 2020, 83, 2545-2558. (IF = 4.803，中科院II区)
7) Zhang, R.; Lin, J.; Zou, Y.; Zhang, X.; Xiao, W.*, Chemical Space and Biological Target Network of Anti-Inflammatory Natural Products. Journal of Chemical Information and Modeling 2019, 59, 66-73. (IF = 6.162，中科院II区)
8) Zhang, R.; Liu, Z.; Yang, D.; Zhang, X.; Sun, H.; Xiao, W.*, Phytochemistry and pharmacology of the genus Leonurus: The herb to benefit the mothers and more. Phytochemistry 2018, 147, 167-183. (IF = 4.004，中科院II区)
9) Gao, J.#; Yang, S.#; Yan, Z.; Zhang, X.; Pu, D.; Wang, L.; Li, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Isolation, Characterization, and Structure-Activity Relationship Analysis of Abietane Diterpenoids from Callicarpa bodinieri as Spleen Tyrosine Kinase Inhibitors. Journal of Natural Products 2018, 81, 998-1006. (IF = 4.803，中科院II区)
10) Zhang, R.; Erler, J.; Langowski, J.*, Histone Acetylation Regulates Chromatin Accessibility: Role of H4K16 in Inter-nucleosome Interaction. Biophysical Journal 2017, 112, 450-459. (IF = 3.699，中科院II区top)
